Huvudskillnaden mellan genetiskt avstånd och fysiskt avstånd är den typ av sekvens som används för att analysera avståndet mellan två populationer av samma art. Genetiskt avstånd mäter den genetiska divergensen mellan arter eller mellan populationer inom en art medan fysiskt avstånd mäter antalet nukleotider mellan de två markörerna.
Genetiskt avstånd och fysiskt avstånd ger en inblick i de evolutionära förhållandena mellan två populationer av en art. Därför tillhandahåller avståndskartor länkning av populationer baserat på genetiska data. Genomsekvensering och bioinformatikanalys spelar en viktig roll för att bestämma både genetiska och fysiska avstånd.
