Huvudskillnaden mellan slumpmässig och inpräglad X-inaktivering är att slumpmässig X-inaktivering är inaktivering av en faderlig eller maternell X-kromosom med lika sannolikhet under gastruleringstiden i epiblast, medan imprinted X-inaktivering är en icke-slumpmässig X-inaktivering av den paternalt härledda X kromosom i de extraembryonala vävnaderna hos däggdjur.
X-inaktivering är en process som ses hos kvinnliga däggdjur. I allmänhet har kvinnor två X-kromosomer. Och hos kvinnliga däggdjur blir en X-kromosom inaktiv. Med andra ord blir en X-kromosom en transkriptionellt inaktiv struktur. När detta väl har inträffat förblir denna speciella X-kromosom inaktiv under hela cellens livstid och dess ättlingar i organismen. Dessutom kondenseras den inaktiverade X-kromosomen till en kompakt struktur som kallas en Barr-kropp och den hålls stabilt i tyst tillstånd. X-inaktiveringsprocessen beror också på kontrollen av två icke-kodande komplementära RNA. X-inaktivering sker dock inte hos män som bara har en X-kromosom. Dessutom kan X-inaktivering ske slumpmässigt eller på grund av prägling.
