Huvudskillnaden mellan plastokinon och plastocyanin är att plastokinon är en lipofil bärarmolekyl som överför elektroner till plastocyanin genom cytokrom b6f-proteinkomplex. Men, är plastocyanin en liten vattenlöslig blå-koppar-protein som accepterar ett elektronpar från cytokrom b 6 f komplex och skickar den till fotosystem I i tylakoid rymden.
Fotosyntes har två typer av reaktioner som ljusberoende reaktioner och ljusoberoende reaktioner. Dessa två typer av fotosystem spelar en viktig roll i ljusberoende reaktioner. De är fotosystem I och II. Fotosystem är stora komplex av proteiner och pigment eller ljusabsorberande molekyler. De fångar energi från solljus. P700 är reaktionscentret för fotosystem I medan P680 är reaktionscentret för fotosystem II. Varje fotosystem absorberar ljus och producerar ATP via fotofosforylering. De producerar också NADPH. Flera typer av elektronacceptorer deltar i de ljusberoende reaktionerna. Plastokinon och plastocyanin är två typer av molekyler involverade i elektrontransportkedjan.
