Huvudskillnaden mellan transformation och transduktion är att transformation är en mekanism som förändrar bakteriens genetiska material genom direkt upptag av exogent genetiskt material från dess omgivning genom cellmembranet och införlivande av det i genomet medan transduktion är injektion av främmande DNA genom ett bakteriofagvirus i värdbakterien.
Konjugering är en välkänd metod för DNA-rekombination, som finns i både eukaryoter och prokaryoter. Forskare har upptäckt att det är möjligt att överföra DNA från en bakteriecell till en annan med två andra mekanismer: transformation och transduktion. På samma sätt som konjugering överför dessa två mekanismer DNA i en riktning, och rekombination sker mellan alleler i homologa DNA-regioner. Båda mekanismerna överför mycket få mängder DNA och överför inte hela cellkromosomen.
