Huvudskillnaden mellan BLAST och FastA är att BLAST är ett grundläggande inriktningsverktyg som finns på webbplatsen National Center for Biotechnology Information medan FastA är ett verktyg för likhetssökning som finns på European Bioinformatics Institute webbplats.
BLAST och FastA är två program som används i stor utsträckning för att jämföra biologiska sekvenser av DNA, aminosyror, proteiner och nukleotider av olika arter och leta efter deras likheter. Dessa algoritmer skrevs med tanke på hastighet. För när forskare kunde isolera DNA i laboratoriet i mitten av 1980-talet väckte det ett behov av att jämföra och hitta identiska gener för vidare forskning i hög hastighet. Följaktligen utvecklades dessa två programvaror på ett sätt så att användaren kan göra en snabb sökning av liknande sekvenser som med deras frågesekvenser.
BLAST är en förkortning för Basic Local Alignment Search Tool och använder den lokala metoden för att jämföra de två sekvenserna. FastA är en programvara som hänvisar till Fast A där A står för All. Här fungerar mjukvaran med alfabet som Fast A för DNA-sekvensering och Fast P för protein. Både BLAST och FastA är mycket snabba i att jämföra vilken genomdatabas som helst och är därför mycket livskraftiga såväl som att spara tid.
