Nyckelskillnad - Microarray vs Next Generation Sequencing
DNA-sekvenseringsprocesser används i stor utsträckning inom bioteknik, virologi, medicinsk diagnos och kriminalteknik. Det är en process som bestämmer den exakta ordningen på de nukleotider, adenin, guanin, tymin och cytosin som finns i en DNA-molekyl. DNA-sekvenseringsprocedurer har blivit en accelerator för mirakulösa upptäckter inom medicinsk och biologisk forskning. Dessa sekvenseringsmetoder har utvecklats till sekvensering av ett fullständigt genom av enskilda organismer inklusive människor och andra levande arter. Microarrays och Next Generation Sequencing är moderna DNA-sekvenseringsprocedurer. Microarray-tekniken är specifikt baserad på hybridisering som innehåller en uppsättning kända mål. Nästa generations sekvensering är baserad på syntes (som använder DNA-polymeras för att införliva nukleotider) och har förmågan att sekvensera hela genomet oberoende av tidigare valda mål. Detta är nyckelskillnaden mellan Microarray och Next Generation Sequencing.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckeldifferens
2. Vad är Microarray
3. Vad är nästa generations sekvensering
4. Likheter mellan Microarray och nästa generations sekvensering
5. Jämförelse vid sida - Microarray vs nästa generations sekvensering i tabellform
6. Sammanfattning
Vad är Microarray?
DNA-mikroarray används som ett laboratorieverktyg för att identifiera tusentals olika genuttryck samtidigt. Det är en fast yta, dvs mikroskopglas, som innehåller en samling mikroskopiska DNA-fläckar tryckta på den. Varje tryckt fläck innehåller en känd gensekvens eller en gen. Dessa kända prober tryckta på bilden fungerar som prober för att detektera genuttryck. Detta är känt som en transkriptom. Hybridisering mellan två DNA-strängar är den primära principen om mikroarrayer baseras på. Det är den kompletterande basparningen av nukleinsyrasekvenser med bildandet av vätebindningar.
Figur 01: Microarray
Inledningsvis samlas mRNA-molekyler från experimentprovet och referensprov erhållet från en frisk individ. Experimentella prover erhålls från sjuka individer; till exempel en person som lider av cancer. När de väl erhållits omvandlas båda mRNA-proverna till cDNA (komplementärt DNA). Därefter märks varje prov med en fluorescerande sond. De fluorescerande sonderna har olika färger för att skilja prov-cDNA från referens-cDNA. För att initiera bindningen av cDNA-molekylerna till mikroarrayglaset blandas de två proverna tillsammans. Hybridisering är den process genom vilken cDNA-molekylerna fästs till DNA-sonderna på mikroarrayglaset. När hybridiseringen är klar,en serie reaktioner äger rum för att identifiera och mäta uttrycket för varje gen med utseendet på olika färger beroende på mängden gen som uttrycks. Resultaten från mikroarray används för att skapa en genuttrycksprofil som kan användas för att identifiera olika sjukdomstillstånd.
Vad är nästa generations sekvensering?
Next Generation Sequencing (NGS) är en avancerad metod för genetisk sekvensering. Dess princip liknar Sanger Sequencing, som beror på kapillärelektrofores. I NGS fragmenteras den genomiska strängen och ligeras till en mallsträng. Baserna för varje sträng identifieras av de emitterade signalerna under dess ligeringsprocess. I Sanger-sekvenseringsmetoden är tre separata steg, sekvensering, separation och detektion involverade. På grund av dessa separata steg är automatiseringen av provberedningen begränsad i genomströmning. I NGS utvecklas tekniken med användning av arraybaserad sekvensering med kombinationen av stegen i Sanger-sekvenseringsproceduren som kan orsaka att miljontals reaktionsserier utförs parallellt samtidigt; detta resulterar i hög hastighet och genomströmning till en låg kostnad.
Figur 02: Utvecklingen inom NGS
NGS består av tre steg; biblioteksberedning (skapande av bibliotek med användning av slumpmässig fragmentering av DNA), amplifiering (amplifiering av biblioteket med användning av klonal amplifiering och PCR) och sekvensering. Genomsekvenseringsprocesserna som utförs under extremt långa tidsperioder med användning av Sanger-sekvenseringsproceduren kan slutföras på några timmar med NGS.
Vad är likheten mellan Microarray och Next Generation Sequencing?
Både Microarray och Next Generation Sequencing är utvecklade med hjälp av arraybaserad sekvensering
Vad är skillnaden mellan mikroarray och nästa generations sekvensering?
Skilja artikeln mitt före bordet
Microarray vs Next Generation Sequencing |
|
| Microarray är en samling av mikroskopiska DNA-fläckar fästa på en fast yta, som används för att mäta uttrycksnivåerna för ett stort antal gener samtidigt. | NGS (Next-generation sequencing) är en icke-Sanger-baserad DNA-sekvenseringsteknik med hög genomströmning som möjliggör att miljoner eller miljarder DNA-strängar kan sekvenseras parallellt. |
| Interaktioner med Antigen | |
| Microarray är baserad på hybridisering som består av en uppsättning kända mål. | NGS är baserad på syntes som använder DNA-polymeras för att införliva nukleotider och är oberoende av tidigare valda mål. |
Sammanfattning - Microarray vs Next Generation Sequencing
Inom forskning har DNA-sekvensering blivit en viktig accelerator. Det används ofta i bioteknik, medicinsk diagnos och kriminaltekniska studier. Den har utvecklats och utvecklats till effektivare och snabbare sekvenseringsprocedurer. Microarrays och NGS är två avancerade DNA-sekvenseringstekniker närvarande. Båda är utvecklade med hjälp av arraybaserad sekvensering. Microarray-teknik bygger på hybridisering medan NGS bygger på syntes, som använder DNA-polymeras för att införliva nukleotider. Detta är den största skillnaden mellan Microarray och Next Generation Sequencing.
Ladda ner PDF-version av Microarray vs Next Generation Sequencing
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-version här Skillnaden mellan Microarray och Next Generation Sequencing
