Huvudskillnaden mellan klon för klonsekvensering och hagelgevärssekvensering ligger i deras uppförande. Klon för klonsekvenseringsmetod innefattar kartläggning av kromosomer och kloning före sekvensering medan klon genom hagelgevärsekvensering utelämnar både kromosomavbildnings- och kloningssteg under sekvenseringen.
Klon efter klonsekvensering och klon med hagelgevärssekvensering är två metoder för dagens genom-sekvensering. Klon för klonsekvensering är en mer tillförlitlig metod för sekvensering. Metoden för att klona med hagelgevärssekvensering är dock snabbare och billigare. Artikeln fokuserar på den subtila skillnaden mellan klon för klonsekvensering och hagelgevärssekvensering.