Huvudskillnaden mellan kemoorganotrofer och kemolitotrofer är att kemoorganotrofer är organismer som erhåller elektroner från organiska föreningar, medan kemolitotrofer är organismer som erhåller elektroner från oorganiska föreningar.
Levande organismer kan grupperas i flera kategorier i förhållande till näringsläget baserat på energikällan och kolet. Det finns energikällor som solljus och organiska föreningar. På samma sätt finns det två typer av kolkällor som oorganiskt kol och organiskt kol. De fyra huvudkategorierna är fotoautotrofer, fotoheterotrofer, kemoautotrofer och kemoheterotrofer. Dessutom, baserat på den primära källan för reducerande ekvivalent, finns det två kategorier som organotrofer och litotrofer. Kemoorganotrofer och kemolitotrofer är två grupper som använder energi från att bryta kemiska föreningar. Men de skiljer sig från varandra baserat på elektrondonatorn. Källan till elektrondonator är organiska föreningar i kemoorganotrofer medan källan till reducerande ekvivalent är oorganisk i kemolitotrofer.
