Nyckelskillnad - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green och Taqman är två metoder som används för att detektera eller titta på amplifieringsprocessen för PCR i realtid. SYBR Green är en metod baserad på interkalering av nukleinsyrafärgningsfärgämne medan Taqman är en metod baserad på hydrolysprob. Båda teknologierna är utformade för att generera fluorescens under PCR, vilket gör att PCR-maskin i realtid kan övervaka reaktionen i "realtid". SYBR Green-metoden utförs med användning av ett fluorescerande färgämne som kallas SYBR green och detekterar amplifieringen genom att binda färgämnet till producerat dubbelsträngat DNA. Taqman utförs med användning av dubbla märkta sonder och detekterar amplifieringen genom nedbrytning av sonden genom Taq-polymeras och frisättningar av fluoroforen. Detta är nyckelskillnaden mellan SYBR Green och Taqman.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är SYBR Green
3. Vad är Taqman
4. Jämförelse sida vid sida - SYBR Green vs Taqman
5. Sammanfattning
Vad är SYBR Green?
SYBR Green är ett fluorescerande färgämne som används för att färga nukleinsyror, särskilt dubbelsträngat DNA i molekylärbiologi. SYBR Green-metoden används för att kvantifiera PCR-produkter under realtids-PCR. När det väl binds med DNA absorberar det resulterande DNA-färgämneskomplexet blått ljus och avger intensivt grönt ljus. Det händer på grund av den strukturella förändringen som sker i färgmolekylen vid bindning med dubbelsträngat DNA. När PCR skapar mer och mer DNA, binder fler färgämnesmolekyler med DNA, vilket genererar mer fluorescens. Därför ökar fluorescensen med PCR-produktansamlingen. Följaktligen kan mängden PCR-produkt kvantitativt mätas med SYBR Green-fluorescensdetektering.
SYBR grönt färgämne kan också användas för DNA-märkning i cytometri och fluorescerande mikroskopi. Etidiumbromid har framgångsrikt ersatts av SYBR Green eftersom Ethidiumbromid är ett cancerframkallande färgämne med bortskaffningsproblem under DNA-visualisering i gelelektroforesen.
Det finns fördelar och nackdelar med SYBR green-metoden. Denna metod är mycket känslig, billig och enkel att använda. På grund av dess förmåga att binda till vilket dubbelsträngat DNA som helst kan icke-specifik bindning leda till överkvantifiering av PCR-produkt.
Figur 01: SYBR grön teknik
Vad är Taqman?
Taqman är en alternativ metod till SYBR Green för att övervaka PCR-processen i realtid. Denna metod beror på 5'- 3'-exonukleasaktiviteten för Taq-polymerasenzym för att bryta ner sonderna under förlängningen av den nya strängen och frisättning av fluorofor. Dubbelmärkta sonder används i denna metod och den är baserad på hydrolys av sonder. Prober är fluorescerande märkta DNA-oligonukleotider med en fluorescerande reportermolekyl (fluorofor) vid 5'-änden och en släckningsmolekyl vid 3'-änden. De är utformade för att binda till den enkelsträngade mallen på motsatt sida av grundglödgningarna. Taq-polymeras adderar nukleotider till primern och förlänger den nya strängen mot de dubbla märkta proberna. När Taq-polymeraset möter sonden aktiveras och nedbryter sonden exonukleasverkan av Taq-polymeraset. När den väl har avslutat syntesen av den nya strängen utsätts sonden för fullständig nedbrytning och frigör fluoroforen. Frisättningen av fluorofor genererar fluorescens. Fluorescerande släckningsmolekyl släcker effektivt det emitterade ljuset och skapar utdata för kvantifiering av PCR-produkten. Frisättningen av fluoroforer och kvantiteten av PCR-produkterna är proportionell. Därför kan kvantifiering enkelt göras med Taqman-metoden.kvantifiering kan enkelt göras med Taqman-metoden.kvantifiering kan enkelt göras med Taqman-metoden.
Figur 02: Taqman-metoden
Taqman-metoden används i realtid PCR, kvantifiering av genuttryck, detektion av genetiska polymorfismer, kvantifiering av kromosomala DNA-borttagningar, bakteriell identifiering, verifiering av mikroarrayanalys, SNP-genotypning etc.
Vad är skillnaden mellan SYBR green och Taqman?
Skilja artikeln mitt före bordet
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green är baserat på DNA-bindande färgämne. | Taqman är beroende av hybridiseringsprober och 5 'till 3' exonukleasaktivitet för Taq-polymeras. |
| Fluorescensmärkta prober | |
| Inga fluorescerande märkta sonder krävs inte. | Dubbelmärkta sonder krävs. |
| Multiplex genanalys | |
| Det kan inte användas för multiplex-genmål. | Den kan användas för multipla genmål. |
| Kosta | |
| Detta är billigare. | Detta är dyrare. |
| Specificitet | |
| Detta är mindre specifikt och binder med något dubbelsträngat DNA | Dessa är mycket specifika eftersom sönder detekterar specifika amplifieringsprodukter. |
| Effektivitet | |
| Detta är mindre effektivt. | Detta är mycket effektivt. |
| Ansökan | |
| Detta används i realtid PCR, agarosgelvisualisering, DNA-märkning etc. | Detta används i realtid PCR, kvantifiering av genuttryck, detektion av genetiska polymorfismer, etc. |
Sammanfattning - SYBR Green och Taqman
Taqman och SYBR green är två metoder som används i realtid PCR (kvantitativ PCR). Båda metoderna möjliggör kvantifiering av PCR-produkten effektivt och är beroende av fluorescensemissionen. Taqman-metoden använder dubbla märkta sonder för detektion av ackumulerat DNA medan SYBR Green-metoden använder ett fluorescerande färgämne. Båda dessa metoder har också olika tillämpningar inom molekylärbiologi.
