Nyckelskillnad - Blunt vs Sticky End Ligation
Restriktionsendonukleaser är specifika enzymer som skär dubbelsträngat DNA (dsDNA). De är också kända som molekylära saxar i molekylärbiologi. Restriktionsenzymer kan känna igen specifika korta sekvenser av dsDNA som kallas igenkänningsställen och klyver fosfodiester- och vätebindningar för att öppna dubbla strängar. Som ett resultat av klyvning av dessa enzymer produceras DNA-fragment med olika typer av ändar såsom klibbiga ändar och trubbiga ändar. DNA-ligas är ett enzym som används i molekylärbiologi för att sammanfoga två intilliggande DNA-strängar genom att bilda nya bindningar. Steget är känt som ligering och beroende på typen av DNA-ändligerat kan de hänvisas till som trubbig ändligering och klibbig ändligering. Huvudskillnaden mellan trubbig och klibbig ligering är att trubbig ändligering uppträder mellan DNA-fragment som innehåller två trubbiga ändar medan klibbig ligering sker mellan 5 'och 3' överhäng. Jämfört med trubbig ändligering är klibbig ändligering mer effektiv och stabil.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är trubbig slutligering
3. Vad är klibbig slutligering
4. Jämförelse sida vid sida - Trubbig jämfört med klibbig ligering
5. Sammanfattning
Vad är en trubbig slutligering?
Vissa restriktionsendonukleaser kan skära DNA vid motsatta baser och producera trubbiga DNA-fragment. Dessa enzymer är kända som trubbiga ändskärare; de klyver rakt ner till mitten av restriktionsstället utan att lämna enkelsträngade överhängande baser. Trubbiga ändar är också kända som icke överhängande ändar eftersom de inte har 3 'och 5' överhängande baser i ändarna. Båda trådarna slutar från baspar i trubbiga ändar. Vanliga trubbiga enzymer för trubbiga ändar är EcoRV HaeIII, AluI och Smal.
Trubbig ändligering är involverad mellan två trubbiga ändar. Det är inte en ligering av utskjutande baser. Denna ligering är mindre effektiv än klibbig ligering. Vid vissa tillfällen blir dock trubbig ändligering mer fördelaktig än klibbig ligering, speciellt vid ligering av PCR-produkter. PCR-produkter tillverkas alltid med trubbiga ändar. Trubbig ändligering kräver inte komplementära ändar i DNA för ligering.
Figur 01: Trubbig slutproduktion med Eco RV-enzym
Vad är en Sticky End Ligation?
Vissa restriktionsendonukleaser kan skära dsDNA och lämnar en överhängande del av enkelsträngat DNA i slutet. Dessa ändar är kända som klibbiga eller överhängande ändar. Klibbig ligering sker mellan två DNA-fragment som innehåller matchande överhäng eftersom klibbiga ändar är besatta med oparade baser och kräver kompletterande baser för att bilda bindningar. Följaktligen är det nödvändigt att använda samma restriktionsenzym för båda DNA-källorna för att producera de matchande ligeringsfragmenten.
Klibbig ligering är effektivare och är ofta mycket önskvärd vid kloning. Det finns flera restriktionsenzymer som producerar klibbiga ändar. De är EcoRI, BamHI, HindIII etc.
Figur 02: Klibbig slutproduktion med Eco RI-enzym
Vad är skillnaden mellan Blunt och Sticky End Ligation?
Skilja artikeln mitt före bordet
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Trubbig ändligering sker mellan två trubbiga DNA-fragment. | Klibbig ligering sker mellan två matchande DNA-fragment med klibbiga ändar. |
| Enzymer | |
| Trubbiga knivar ger trubbiga ändar. | Klibbiga knivar ger klibbiga eller sammanhängande ändar. |
| Krav på matchande ändar | |
| Det kräver inte matchande fragment eller kompletterande baser. | Det kräver kompletterande baser i ändarna för att bilda baspar. |
| Effektivitet | |
| Det är mindre effektivt än klibbig ändligering | Det är mer effektivt än trubbig ändligering. |
Sammanfattning - Blunt vs Sticky End Ligation
Restriktionsendonukleaser kan klyva dsDNA och producera DNA-fragment med olika ändar. De känner igen specifika sekvenser och begränsar DNA som skapar klibbiga och trubbiga ändar. Klibbiga ändar har oparade baser i slutet av fragmenten. Trubbiga ändar skapas på grund av en rak klyvning och de har baspar i ändarna. Klibbig ligering kräver två komplementära enkelsträngade DNA-bitar. Trubbig ändligering inträffar mellan två fragment av trubbig ände. Detta är skillnaden mellan trubbig och klibbig ligering.
