Huvudskillnaden mellan parasit och bakterier är att bakterierna är encelliga mikroskopiska prokaryoter som lever överallt medan parasiter är de organismer som lever på eller i sina värdar samtidigt som de orsakar infektioner hos värdarna.
Parasit och bakterier är organismer som liknar mycket primitiva organismer men har stora anpassningar för att överleva under olika miljöförhållanden. För människor är dessa organismer av största vikt eftersom de flesta mänskliga infektioner orsakas av dem. Ibland betraktas vissa bakterier som parasiter.