Huvudskillnaden mellan fotosyntetiska och kemosyntetiska bakterier är att fotosyntetiska bakterier får energi från solljus för att producera kolhydrater medan kemosyntetiska bakterier får energi från oxidation av oorganiska ämnen för att producera kolhydrater.
Organismer kan kategoriseras utifrån deras näringssätt. Autotrofer och heterotrofer är två sådana huvudkategorier. Autotrophs kan producera sin egen mat medan heterotrophs är beroende av andra organismer för livsmedel eftersom de inte kan producera sin egen mat. För att producera sin egen mat eller kolhydrater använder autotrofer två huvudprocesser: fotosyntes och kemosyntes.
Fotosyntes drivs av solenergi medan kemosyntes drivs av den energi som härrör från oxidationen av kemiska föreningar, främst oorganiska ämnen. Det finns fotosyntetiska bakterier och kemosyntetiska bakterier. Fotosyntetiska bakterier producerar mat genom fotosyntes medan kemosyntetiska bakterier producerar mat genom den energi som erhålls genom att kemikalien bryts ner.
