Huvudskillnaden mellan bakterier och bakterier är att termen bakterie representerar alla typer av mikroskopiska partiklar inklusive bakterier, svampar, protozoer, virus etc., som kan göra oss sjuka medan bakterier är typer av bakterier som är encelliga prokaryota organismer.
Det finns olika typer av sjukdomsframkallande mikroorganismer som bakterier, virus, protozoer, svampar, prioner etc. som vi kallar bakterier. Bortsett från dessa mikrober, innehåller bakterier också sjukdomsframkallande föremål som sporer, toxiner etc. Alla dessa bakterier är skadliga för oss på något sätt. Men när man överväger alla bakterier är de flesta bakterier ofarliga. Endast ett fåtal orsakar sjukdomar hos levande organismer. Därför utgör denna lilla andel av sjukdomsframkallande bakterier bakterier eftersom de är skadliga.