Nyckelskillnad - Benzonase vs DNase
Nedbrytning av nukleinsyror är viktigt för många molekylärbiologiska tekniker. Det används ofta i rekombinant DNA-teknik för att bli av med oönskade fragment av DNA och RNA. Nedbrytande enzymer av nukleinsyra kallas nukleaser, och de kan vara av olika typer baserat på den önskade funktionen. Nukleaser som bryter ner DNA är kända som DNaser medan de som bryter ned RNA är kända RNaser. Dessa enzymer används oftast i in vitro-experiment där in vitro-molekylära tester utförs för att isolera rent DNA, RNA eller proteiner. Benzonaser är en typ av nukleaser som bryter ner både DNA och RNA medan DNaser endast bryter ner DNA. Detta är nyckelskillnaden mellan Benzonase och DNase.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckeldifferens
2. Vad är benzonas
3. Vad är DNas
4. Likheter mellan benzonas och DNas
5. Jämförelse sida vid sida - Benzonas vs DNas i tabellform
6. Sammanfattning
Vad är Benzonase?
Benzonase är ett genetiskt konstruerat endonukleas från Serratia marcescens. Detta enzym produceras i E. coli-värdar i industriell skala. Benzonas kan klyva dubbelsträngat DNA, linjärt DNA, cirkulärt DNA och enkelsträngat RNA. Således är Benzonase kommersiellt viktigt. Benzonasenzym är en proteindimer som har 245 identiska aminosyror, ~ 30 kDa underenheter med två väsentliga disulfidbindningar. Benzonas klyver nukleinsyror i sin 5'-ände och resulterar i fragment med fria 5'-ändar. Benzonas kan klyva nukleinsyror i vilken sekvens som helst men föredrar GC-rika regioner.
Benzonase lagras vid -20 0 C optimala pH för enzymaktivitet befanns vara 8,0-9,2. Användningarna av Benzonase innefattar provberedning för protein 2D-gelelektrofores där Benzonas avlägsnar bundna nukleinsyror och avlägsnande av nukleinsyraföroreningar från rekombinanta proteinpreparat. Det används också för att minska viskositeten hos proteinextrakt och förhindra klumpning av celler i en cellblandning.
Vad är DNase?
DNas är ett nukleas, hydrolytiskt enzym som endast kan klyva dubbelsträngat DNA. Det finns två huvudtyper av DNaser: DNas I och DNas II. DNas I deltar i klyvning av dubbelsträngat DNA för att producera polynukleotider med 5'-fria ändar. DNas II är involverat i klyvning av dubbelsträngat DNA för att producera polynukleotidsträngar med 3'-fria ändar eller överhäng.
DNase I
DNas I fungerar vid ett optimalt pH mellan 7,0 - 8,0. Enzymaktiviteten beror på många joniska kofaktorer som inkluderar Ca2 +, Mg2 + eller Mn2 +. Aktiviteten för Mg 2+ och Mn 2+ bestämmer funktionen hos DNas I. I närvaro av Mg 2+ klyver DNase I varje sträng av dsDNA oberoende. Detta sker på ett slumpmässigt sätt. Däremot klyver enzymet i närvaro av Mn2 + båda DNA-strängarna på ungefär samma plats. Denna klyvning kommer att resultera i att producera två typer av DNA-fragment; en typ med trubbiga ändar och en annan typ med en eller två nukleotidöverhäng.
Figur 02: DNase
DNase II
DNas II-funktioner vid ett optimalt pH på 4,5-5,0 och tvåvärda metalljoner krävs för dess aktivitet, liknande DNas I. Mekanismen för DNas II är känd för att bestå av tre huvudsteg.
- Flera enkelsträngsbrott induceras i DNA-ryggraden.
- Syralösliga nukleotider och oligonukleotider produceras.
- Icke-linjär hyperkrom skiftning inträffar i den sista fasen.
De huvudsakliga hämmarna av DNase-enzym inkluderar metallchelatorer, övergångsmetaller och kemikalier såsom natriumdodecylsulfat och β - merkaptoetanol.
De huvudsakliga tillämpningarna av DNase inkluderar beredning av DNA-fria RNA-extrakt och proteinextrakt och avlägsnande av mall-DNA under in vitro-transkriptionsexperiment.
Vad är likheterna mellan Benzonase och DNase?
- Båda är hydrolytiska enzymer.
- Båda är nukleaser.
- Båda deltar genom att klyva fosfodiesterbindningarna i nukleinsyror.
- Båda kräver ett optimalt pH och lagringstemperatur för att bibehålla enzymets aktivitet.
- Hämmare av enzymer inkluderar kelateringsmedel, övergångsmetaller och rengöringskemikalier.
- Applikationerna är främst inriktade på att erhålla extrakt av hög renhet av DNA, RNA och proteiner.
- Båda enzymerna kan produceras via genteknik.
Vad är skillnaden mellan Benzonase och DNase?
Skilja artikeln mitt före bordet
Benzonase vs DNase |
|
| Benzonas är ett enzym som kan klyva dubbelsträngat DNA, linjärt DNA, cirkulärt DNA och RNA. | DNas är ett enzym som kan klyva dubbelsträngat DNA. |
| Substrat för enzymet | |
| Både DNA och RNA är substrat för bensonas. | DNA är substratet för DNase. |
| Strukturera | |
| Optimalt pH-intervall för Benzonas är 7,0 -8,0 | Optimala pH-intervall för DNas I är 7,0 - 8,0 och DNas II är 4,5 - 5,0. |
Sammanfattning - Benzonase vs DNase
Nukleasenzymer används ofta i olika experimentella förfaranden med avseende på molekylärbiologi och genteknik. Benzonase och DNase är två typer av nukleaser. Benzonas är involverat i nedbrytning av både DNA och RNA medan DNase är involverat i klyvning av dubbelsträngat DNA. Detta är den grundläggande skillnaden mellan benzonas och DNas. För närvarande produceras båda dessa nukleastyper genom rekombinant DNA-teknik som ger enzymer av högre kvalitet som är optimerade för maximal produktion.
Ladda ner PDF-version av Benzonase vs DNase
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-version här Skillnaden mellan Benzonase och DNase
