Nyckelskillnaden mellan cyanobakterier och proteobakterier kan inte härledas specifikt. Emellertid är cyanobakterier, kända som blågröna alger, helt fotosyntetiska medan proteobakterier består av en mängd olika gramnegativa organismer varav vissa organismer är fotosyntetiska.
Även om cyanobakterier och proteobakterier har många gemensamma egenskaper, baserat på deras förmåga att fotosyntetisera, kan de skilja sig från varandra. De är dock båda industriellt viktiga organismer såväl som sjukdomsframkallande organismer.
