Huvudskillnaden mellan cyanobakterier och alger är att cyanobakterier är en grupp prokaryota bakterier medan alger är små eukaryota växtliknande organismer.
Fotosyntes är en extremt viktig process som omvandlar solljusens energi till kemisk energi från kolhydrater. Därför är det processen som tillåter vissa organismer att göra sina egna livsmedel, och dessa organismer är kända som fotoautotrofer. På samma sätt är gröna växter, alger och cyanobakterier tre typer av fotoautotrofer. Bland dessa tre typer är cyanobakterier prokaryoter, som är bakterier. Å andra sidan är gröna växter och alger eukaryota organismer. När man överväger cyanobakterier och alger är de mikroskopiska organismer, till skillnad från gröna växter. Cyanobakterier och alger skiljer sig emellertid huvudsakligen av mobilorganisationen. Syftet med denna artikel är att förklara skillnaden mellan cyanobakterier och alger.