Huvudskillnaden mellan blågröna alger och gröna alger är att blågröna alger är prokaryota organismer som tillhör Kingdom Monera medan gröna alger är eukaryota organismer som tillhör Kingdom Protista.
Fotosyntes är den process som visas av fotoautotrofer. Det är processen som syntetiserar kolhydrater (livsmedel) genom att fånga energi från solljus. Processen kräver närvaro av fotosyntetiska pigment, CO 2 och vatten. Fotoautotrofer har fotosyntetiska pigment för att utföra fotosyntes. Det finns tre huvudgrupper av fotoautotrofer som växter, cyanobakterier (blågröna alger) och alger (inklusive gröna alger). Därför är både blågröna alger och gröna alger fotosyntetiska organismer. Blågröna alger är emellertid prokaryota organismer medan gröna alger är eukaryota organismer. Följaktligen finns det en skillnad mellan blågröna alger och gröna alger baserat på deras cellulära organisation och andra egenskaper.
