Huvudskillnaden mellan matsmältning av heterotrofer och saprotrofer är att matsmältningen av heterotrofer är intracellulär medan matsmältningen av saprotrofer är extracellulär.
Matsmältningen är en viktig process för organismernas överlevnad. Genom denna process blir näringsämnen tillgängliga för absorption av organismerna. Heterotrof matsmältning är processen för intracellulär matsmältning i organismer, som är beroende av ekologisk mat. Saprotrofisk matsmältning är processen för extracellulär matsmältning där organismerna är beroende av dött organiskt material. Både matsmältning av heterotrofer och saprotrofer är viktigt för biosfärens överlevnad. Heterotrofer beror på organiskt material från växter och andra djurkällor. Å andra sidan beror saprotrofer direkt på döda organiska ämnen för deras näring. Därför hjälper inlärning av dessa matsmältningsmönster till att studera näringsförhållanden i organismer.