Huvudskillnaden mellan ämnesomsättning och matsmältning är att ämnesomsättningen är den kompletta uppsättningen biokemiska reaktioner som äger rum i en organism medan matsmältningen är nedbrytningen av stora olösliga matmolekyler i små molekyler som kan absorberas i blodomloppet.
Både metabolism och matsmältning är viktiga processer som förekommer i levande organismer. Som nämnts ovan avser metabolism hela uppsättningen kemiska och fysiologiska reaktioner som förekommer i en levande organism, inklusive djur och växter. Matsmältningen, som är nedbrytningen av mat, är också en del av ämnesomsättningen.