Huvudskillnaden mellan genmutation och kromosommutation är att genmutationen orsakar förändring av nukleotidsekvensen hos en gen medan kromosommutationen orsakar en strukturell förändring av segmentet av en kromosom inklusive många gener.
Mutationer är de permanenta förändringarna av nukleotidsekvenserna av organismernas genetiska material. Genmutationer och kromosommutationer är två grundläggande typer av mutationer, och de varierar från varandra främst i förändringens omfattning. Mutationer uppstår på grund av många anledningar såsom oregelbundna steg i reglering av DNA-replikering och transkription, exponering för strålning, UV-ljus, på grund av cigarettrök, på grund av virus- och bakterieinfektioner, etc.
Substitutioner, insättningar, deletioner eller duplikationer av DNA-sekvenser är de viktigaste mekanismerna som förändrar nukleotidsekvenserna. Vissa mutationer går från förälder till avkomma när de förekommer i könsceller medan vissa är icke-ärftliga. Dessutom förändrar vissa mutationer inte de resulterande aminosyrasekvenserna. Därför är de tysta mutationer. Emellertid kan mutationer eller inte vara gynnsamma för uthålligheten i världen under lång tid. Individer eller populationer med gynnsamma gener kommer att överleva medan de ogynnsamma karaktärerna uppstod på grund av mutationer kommer att eliminera från miljön genom naturligt urval.