Huvudskillnaden mellan isopentan och neopentan är att isopentanen innehåller en fyrledad kolkedja med en metylgrupp bunden till denna kedja vid den andra kolatomen i kedjan medan neopentanen innehåller ett kolcentrum fäst med fyra metylgrupper.
Isopentan och neopentan är strukturella isomerer av varandra. Därför har båda dessa föreningar samma kemiska formel; C 5 H 12. Men på grund av skillnaden mellan isopentan och neopentan i deras kemiska strukturer har de olika kemiska och fysiska egenskaper. En annan anmärkningsvärd skillnad mellan isopentan och neopentan är att isopentan existerar som en färglös vätska medan neopentan är en färglös gas vid standardtemperatur och -tryck.
