Huvudskillnaden mellan GFP och EGFP är att GFP är ett vildtypsprotein som ingår i molekylär kloning av icke-däggdjursceller medan EGFP är en förbättrad eller konstruerad typ av GFP som kan användas på däggdjursceller.
Molekylär kloning är en avancerad teknik som forskare använder oerhört för att uttrycka proteiner via rekombinant teknik. I rekombinant DNA-teknik är det nödvändigt att transformera rekombinant vektor framgångsrikt till värdorganismen. Därför bör det under transformationsprocessen identifieras och bekräftas om genen av intresse har transformerats eller inte till värden. För att bedöma detta antar molekylärbiologer flera tekniker. Av dessa tekniker är en reportergen. Dessa reportergener fungerar som valbara markörer för att välja rätt transformanter. Således är Green Fluorescent Protein (GFP) och Enhanced Green Fluorescent Protein (EGFP) två reporterproteiner som används vid molekylär kloning.
