Huvudskillnaden mellan metagenomics och metatranscriptomics beror på vilken typ av biomolekyler som studerats i varje område. Metagenomics studerar DNA, dess sekvenser och dess beteende i organismer, medan metatranscriptomics studerar transkriberat DNA, främst mRNA-sekvenser och dess beteende i organismer.
Metagenomics och metatranscriptomics är två områden som har vunnit mycket popularitet genom åren i förhållande till det mikrobiella samhället. De är viktiga inom hälsovård, industri och bioteknik inom jordbruket. Både metagenomics och metatranscriptomics tillåter studier av enskilda organismer i ett samhälle och deras funktionella roller som är antingen fördelaktiga eller skadliga.
