Huvudskillnaden mellan mikrofag och makrofag är att mikrofagen är en typ av liten fagocyt som bara lever i några dagar medan makrofagen är en typ av större fagocyt med längre livslängd.
Vårt immunsystem kämpar med invaderande patogena mikroorganismer och håller oss säkra. Därför är det ett komplext system som utför många olika försvarsmekanismer för att upptäcka inkräktare och förstöra dem. Fagocytos är en mekanism där fagocyter intar invaderande partiklar och dödar dem. Fagocyter är celler som kan svälja upp och absorbera bakterier, och andra främmande celler och smittsamma partiklar förstör i dem. Följaktligen finns det två huvudtyper av fagocyter, nämligen mikrofag och makrofag. Mikrofag är en liten polymorfonukleär fagocyt som presenteras i stort antal. Å andra sidan är makrofagen en typ av fagocyt som är stationerad på flera viktiga platser i vår kropp för att fungera som en frontlinjeförsvarsmekanism mot invaderande partiklar. De är de stora ätarna i vårt immunsystem.