Den viktigaste skillnaden mellan assimilerande och dissimilerande sulfatreduktion är att assimilerande sulfatreduktion ger cystein som slutprodukt medan dissimilerande sulfatreduktion ger sulfid som slutprodukt.
Sulfatreduktion är en av de viktigaste anaeroba andningsvägarna. Dessutom kan vissa mikrober som är beroende av anaeroba förhållanden reducera sulfater för att erhålla energi. Dessutom finns det två huvudvägar där sulfater minskar; de är den assimilerande vägen och den avvikande vägen. Där, i den assimilerande vägen, ger reduktionen av sulfat cystein som sin slutprodukt, som kan assimileras i levande organismer såsom växter och högre eukaryoter. Tvärtom ger sulfatreduktionens spridningsväg sulfid som slutprodukt. Följaktligen är den mest signifikanta, urskiljbara skillnaden mellan assimilerande och dissimilerande sulfatreduktion typen av slutprodukt som varje producerar.
