Huvudskillnaden mellan E. coli och Klebsiella är att E. coli är en gramnegativ stavformad bakterie som är rörlig medan Klebsiella är ett släkte med gramnegativa stavformade bakterier som är icke-rörliga.
Escherichia och Klebsiella är två vanliga släkter av koliforma bakterier. Båda släktena består av gramnegativa, stavformade, icke-sporbildande bakterier. E. coli är en art av Escherichia. Det är en rörlig fekal coliform bakterie. Både E. coli och Klebsiella bakterier tillhör familjen Enterobacteriaceae. De är en del av normal flora i vår tarm. Dessutom är de fakultativa anaerober. Båda är i allmänhet ofarliga, men de blir opportunistiska mänskliga patogener i vissa situationer.