Huvudskillnaden mellan anammox och denitrifikation är att anammox hänvisar till anaerob ammoniumoxidation, som omvandlar ammonium och nitrit till kvävgas under anoxiska förhållanden. Under tiden, medan denitrifikation är den biologiska omvandlingen av nitrat till N 2 genom denitrifierande bakterier.
Kvävecykeln är en viktig biogeokemiska cykel i vilken kväve omvandlas till olika kemiska former, såsom NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -etc. Det finns fyra huvudprocesser som ses i kvävecykeln. De är fixering, ammonifiering, nitrifikation och denitrifikation. Många av dessa processer utförs av mikroorganismer, särskilt bakterier som finns i jorden. Anammox är ett av de senaste tillskotten till kvävecykeln. Det är processen med anaerob ammoniumoxidation. En specifik grupp av bakterier som kallas planctomycetes utför denna process. De har en speciell organell som kallas anammoxosomer, som ger platsen för anammoxreaktion. Men i slutändan producerar både denitrifikation och anammox kvävgas.