Huvudskillnaden mellan E. coli och Pseudomonas aeruginosa är att E. coli är en fakultativ anaerob bakterieart som tillhör familjen Enterobacteriaceae och släktet Escherichia, medan P. aeruginosa är en aerob bakteriell art som tillhör familjen Pseudomonadadaceae och släktet Pseudomonas.
Både E. coli och Pseudomonas aeruginosa är gramnegativa, stavformade och rörliga bakterier. Dessutom är de inkapslade bakterier. Men E. coli är en art av släktet Escherichia medan P. aeruginosa är en art av släktet Pseudomonas.
