Huvudskillnaden mellan FISH och CGH är att FISH är en molekylär teknik som detekterar specifik DNA-sekvens på en kromosom med hjälp av fluorescerande märkta sonder, medan CGH är en annan molekylär cytogenetisk teknik som detekterar förändringar i det genomiska DNA.
Cytogenetisk analys spelar en viktig roll i medicinen vid upptäckt av kromosomavvikelser som aneuploidier, strykningar, duplikationer och omläggningar etc. Kromosomavvikelser leder så småningom till genetiska sjukdomar som cancer, infertilitet, Downs syndrom, Klinefelters syndrom, Turners syndrom, leukemi, etc. Det finns olika molekylära cytogenetiska metoder för att detektera ovannämnda defekter och sjukdomar. Bland dem är FISH (fluorescerande in situ hybridisering) och CGH (jämförande genomisk hybridisering) två kraftfulla hybridiseringstekniker. Båda metoderna har dock fördelar och nackdelar.
