Huvudskillnaden mellan Ubiquinones och Cytochromes är att Ubiquinones (CoQ) inte är proteiner medan Cytochromes är proteiner.
Elektrontransportkedjan är det sista steget i aerob andning. Därför förekommer det i mitokondriernas inre membran. Dessutom består den av elektronbärare som underlättar produktionen av en protongradient över membranet. Annat än NAD och flavoproteiner är Ubiquinones och Cytochromes två typer av elektronbärare involverade i elektrontransportkedjan. Ubiquinoner är icke-proteinlipidlösliga, hydrofoba organiska molekyler medan cytokromer är järninnehållande proteiner.
