Huvudskillnaden mellan mycoplasma och chlamydia är att mycoplasma är ett släkt av bakterier som saknar en cellvägg medan chlamydia är ett släkt av bakterier som innehåller gramnegativa och obligatoriska parasiter.
Mycoplasma-arter är de minsta bakterierna som har upptäckts hittills, med de minsta genomerna och ett minimalt antal mycket essentiella organeller. Mycoplasma är vägglösa bakterier. Därför har de inte någon bestämd form. Generellt är de sfäriska till trådformade celler. Däremot är klamydia ett släkt av bakterier som har cellväggar. De är gramnegativa bakterier. Både mycoplasma och chlamydia orsakar sexuellt överförbara sjukdomar. Dessutom ger de liknande symtom, men de kan behandlas med olika antibiotika.