Huvudskillnaden mellan hemocyanin och hemoglobin är att hemocyanin är ett kopparinnehållande extracellulärt respiratoriskt pigment som finns i vissa ryggradslösa blod medan hemoglobin är ett järninnehållande intracellulärt respiratoriskt pigment som finns i ryggradsblod.
I aeroba organismer sker gasutbyte genom metallproteiner som finns i blodet. Därför är hemocyanin och hemoglobin två metalloproteiner som underlättar gasutbyte i ryggradslösa djur respektive ryggradsdjur. Hemocyanin är ett kopparinnehållande andningspigment som finns suspenderat i ryggradslösa djurens hemolymf. Däremot är hemoglobin ett järninnehållande andningspigment som är bundet till ryggradsdjurens röda blodkroppar. Den syresatta formen av hemocyanin har blå färg. Men den syresatta formen av hemoglobin är ljusröd.
