Huvudskillnaden mellan homodimer och heterodimer är att homodimer är ett protein tillverkat av två identiska proteiner, medan heterodimer är ett protein tillverkat av två olika proteiner.
Protein är en biomolekyl som består av aminosyrakedjor. En proteindimer är en kvaternär proteinstruktur som bildas från föreningen av två proteinmonomerer eller två aminosyrakedjor. Generellt binder de med varandra genom icke-kovalenta bindningar. Proteindimerer är antingen homodimerer eller heterodimerer. En homodimer har två identiska proteiner som är icke-kovalent bundna. Heterodimer har två olika proteiner bundna ihop. Denna proteindimerinteraktion är viktig vid reglering och katalys.