Huvudskillnaden mellan synten och kollinearitet är att synten är den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom hos arter, medan kollineariteten är den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom i olika arter som bevarar samma ordning.
Synteny och kollinearitet är två termer som används omväxlande i genomik. Båda termerna beskriver genlokaliseringsmönstren på kromosomer i olika arter. Dessa besläktade genarrangemang bland taxorna är värdefull information när man avläser delad härkomst av gener. Synteny hänvisar till den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom hos arter. Collinearitet avser den fysiska samlokaliseringen av genetiska loci på samma kromosom i olika arter som bevarar samma ordning. Därför är det en form av synten.
