Huvudskillnaden mellan acidofil och basofil är att acidofila komponenter i en cell är syravällande och sura färgämnen används för att fläcka dem medan basofila komponenter i en cell är basälskande och basiska färgämnen används för att fläcka dem.
Färgning är en teknik som används för att visualisera celler och deras komponenter eftersom många celler är färglösa och transparenta. Vissa komponenter i cellen är syraälskande, medan vissa delar är basälskande. Sura färgämnen och basiska färgämnen är två typer av färgämnen som ofta används vid anvisningsförfaranden. Basofil färgning använder basiska färgämnen medan acidofil färgning använder sura färgämnen. Därför binder acidofila eller syravällande komponenter med sura färgämnen medan basofila eller basälskande komponenter binder till basiska färgämnen.