Nyckelskillnaden mellan startkodon och stoppkodon är att startkodon är trinukleotidsekvensen som markerar början på sekvensen som översätts till ett protein medan stopkodon är trinukleotidsekvensen som markerar slutet på sekvensen som översätts till ett protein.
Genets kod innehåller en instruktion som behövs för att göra ett specifikt protein. Den innehåller trinukleotidsekvenser som är kända som kodoner. Varje kodon anger en aminosyra. Aminosyror är byggstenarna i ett protein. Genkoden för varje gen börjar med ett startkodon och slutar med ett stoppkodon. Därför markerar startkodon den plats där översättning till protein börjar. Stoppkodon, å andra sidan, markerar den plats där översättning till protein slutar. Därför kan vi identifiera dessa två kodoner som två skiljetecken i den genetiska koden. Båda är specifika trinukleotidsekvenser.
