Huvudskillnaden mellan flaggskepp och paraplyarter är att flaggskeppsarter är en art som fungerar som en symbol eller ikon för en definierad livsmiljö medan paraplyarter är den art som indirekt är involverad i bevarande av många andra arter på ekosystem- eller landskapsnivå.
I ett ekosystem finns det olika typer av levande organismer. Dessa arter interagerar själva genom olika typer av processer som predation, parasitism, mutualism, symbios och konkurrens. Bevarandet av arter kan vara subjektivt och det är inte lätt att fastställa artens status. Därför, för att underlätta bevarande, kan vissa arter som paraplyarter, keystone-arter och flaggskeppsarter användas. Förändringarna i dessa arter indikerar statusen för andra arter i ekosystemet. Därför gör det bevarandebeslut enklare.
