Nyckelskillnad - Exome vs RNA-sekvensering
Nukleinsyrasekvensering är tekniken som bestämmer ordningen för nukleotider i ett visst fragment av DNA eller RNA i en organism. Sekvensering är viktigt för att identifiera DNA- och RNA-sammansättningen av cellen och särskilja vissa gener som kodar för funktionella proteiner; sålunda kan sekvensering användas för att förstå mutationerna av dessa gener och genuttryck. Sanger-sekvenseringsmetod eller de mer avancerade Nästa generations sekvenseringsmetoder är de sekvenseringsmetoder som vanligtvis används. Exome-sekvensering är sekvensering av den kompletta uppsättningen exoner eller kodande DNA-regioner som finns i en organism medan RNA-sekvensering är sekvenseringsproceduren för ribonukleinsyror (RNA). Detta är nyckelskillnaden mellan exome- och RNA-sekvensering.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är exomsekvensering
3. Vad är RNA-sekvensering
4. Likheter mellan exome och RNA-sekvensering
5. Jämförelse sida vid sida - Exome vs RNA-sekvensering i tabellform
6. Sammanfattning
Vad är Exome-sekvensering?
Exome är en delmängd av genomet som består av de kodande generna för en viss organism. Kodande gener benämns som exoner och transkriberas till mRNA och översätts sedan till aminosyrasekvenser. Under modifieringar efter transkription avlägsnar RNA-splitsningsmekanismen i eukaryoter intronerna (icke-kodande regioner) och exonerna kvarstår. Det finns två huvudtekniker där exome-sekvensering görs: lösningsbaserad och arraybaserad.
I lösningsbaserad exomsekvensering fragmenteras DNA-prover med antingen restriktionsenzymer eller mekanisk metod och denatureras av värme. I denna teknik används biotinylerade oligonukleotidsonder (beten) för att selektivt hybridisera med målregioner i genomet. Magnetiska streptavidinpärlor används för bindningssteget. Bindning följs av ett tvättsteg där de obundna och icke-riktade sekvenserna tvättas bort. De bundna målen förstärks sedan med användning av polymeraskedjereaktion (PCR) och sekvenseras sedan med användning av Sanger-sekvensering eller nästa generations sekvenseringstekniker.
Figur 01: Exome-sekvensering
Arraybaserad metod liknar också den lösningsbaserade metoden, förutom att DNA-fragment fångas in i en mikrorad, och sedan följer bindnings- och tvättstegen innan de sekvenseras.
Exome-sekvensering används i många applikationer, såsom genetisk diagnos av sjukdomar, vid genterapi, vid identifiering av nya genetiska markörer, i jordbruket för att identifiera olika fördelaktiga agronomiska egenskaper och i växtförädlingsprocedurer.
Vad är RNA-sekvensering?
RNA-sekvensering baseras på transkriptomen, som är cellens fullständiga transkript. De viktigaste målen för RNA-sekvensering är att katalogisera alla arter av transkriptet, inklusive mRNA, icke-kodande RNA och litet RNA, för att bestämma transkriptionsstrukturen för gener och för att kvantifiera uttrycksnivåerna för varje transkript under utveckling. Under RNA-sekvensering användes initialt hybridiseringsteknik (som var komplementärt DNA härrörande från mogna mRNA-sekvenser) för sekvensering. För närvarande används en mer exakt och en avancerad genomgående teknik för RNA-sekvensering.
Figur 02: RNA-sekvensering
Vid RNA-sekvensering omvandlas ett prov av RNA som kan vara total RNA eller fraktionerat RNA till dess komplementära DNA (cDNA) med användning av omvänd transkription, och ett cDNA-bibliotek framställs. Varje cDNA-fragment är fäst vid adaptrar på båda sidor (parändsekvensering) eller på ena sidan (enkeländsekvensering). Dessa märkta sekvenser sekvenseras med Sanger-sekvensering eller nästa generation, som exome-sekvensering.
Vad är likheterna mellan Exome och RNA-sekvensering?
- Kort valda fragment eller hela uppsättningen DNA / RNA kan användas för Exome- eller RNA-sekvensering.
- Sekvenserade fragment bevaras i bibliotek.
- Sanger-sekvensering eller Next Generation-sekvensering kan användas.
- Båda är in vitro-sekvenseringsmetoder.
- Sekvenserade fragment kan bestämmas med fluorescerande taggar.
Vad är skillnaden mellan exome och RNA-sekvensering?
Skilja artikeln mitt före bordet
Exome vs RNA-sekvensering |
|
| Exome-sekvensering är sekvensering av den kompletta uppsättningen exoner eller kodande DNA-regioner som finns i en organism. | RNA-sekvensering avser sekvenseringsproceduren för ribonukleinsyror (RNA); transkriptomen. |
| Startprov | |
| Genomiskt DNA är startprovet för exomsekvensering. | RNA är startprovet för RNA-sekvensering. |
| Sammansättning | |
| Detta innehåller endast kodande regioner av det totala DNA som kallas Exons | Detta innehåller RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekvensering | |
| Det finns två huvudmetoder för exome-sekvensering; lösningsbaserad och arraybaserad teknik. | RNA-sekvensering görs via beredningen av ett cDNA-bibliotek genom att extrahera totalt RNA eller fragmenterat RNA. |
Sammanfattning - Exome vs RNA-sekvensering
Exome är den kompletta uppsättningen av kodande regioner i en organism och teknikerna som är involverade i bestämningen av exakt nukleotidordning av Exome är känd som exomsekvensering. RNA-sekvensering är tekniken involverad i bestämningen av nukleotidordningen för RNA i en organism. Detta är skillnaden mellan exome och RNA-sekvensering.
Ladda ner PDF-version av Exome vs RNA-sekvensering
Du kan ladda ner PDF-versionen av den här artikeln och använda den för offlineändamål enligt citat. Ladda ner PDF-versionen här Skillnaden mellan Exome och RNA-sekvensering
