Nyckelskillnad - Exome vs Transcriptome
En gen innehåller kodande och icke-kodande regioner inom den. Kodande sekvenser är kända som exoner och icke-kodande sekvenser är kända som introner. Nukleotidsekvensen för exonerna av en gen representerar genens genetiska kod för att syntetisera det specifika proteinet. Därför finns exoner kvar i mRNA-molekylen. Den totala exonregionen i genomet är känd som exome, och det är en viktig del av genomet. Genens genetiska kod omvandlas till den genetiska koden för mRNA-molekylen, som behövs för produktion av protein. Hela mRNA-molekyler transkriberade i en cell eller en cellpopulation i taget kallas en transkriptom. Nyckelskillnaden mellan exome och transkriptom är att exome representerar sekvenserna för genomets exonregioner medan transkriptom representerar det totala mRNA för en cell eller en vävnad vid en given tidpunkt.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelskillnad
2. Vad är Exome
3. Vad är Transcriptome
4. Jämförelse sida vid sida - Exome vs Transcriptome
5. Sammanfattning
Vad är Exome?
Gener består av exoner, introner och reglerande sekvenser. Exoner är genregionerna som transkriberas till mRNA-sekvens under transkriptionen. Introner och andra icke-kodande regioner avlägsnas under transkriptionen. Nukleotidsekvensen för exoner bestämmer den genetiska koden för genen som syntetiserar det specifika proteinet den kodar. Endast exoner finns kvar inom mRNA för ett protein. Samlingen av exoner i genomet är känd som en organism. Det representerar en del av genomet som uttrycks i gener. Hos människor står exome för 1% från genomet. Det är den proteinkodande delen av det mänskliga genomet.
Figur 01: Exome
Vad är Transcriptome?
Transkriptomen är samlingen av alla proteinkodande och icke-kodande transkriptioner (RNA) i en viss vävnad. Transcriptome representerar samlingen av totala mRNA-molekyler som uttrycks av generna i en cell eller en vävnad. Transkriptionen av en cell kan varieras med transkriptomen av en annan celltyp. Transkriptomen är också dynamisk - den förändras med tiden som svar på både interna och externa stimuli. Även inom samma vävnad eller inom samma celltyp kan transkriptom förändras efter några minuter.
Transcriptome skiljer sig från exome av en organism. Transkriptom inkluderar endast de uttryckta exomsekvenserna. Även om exomen i en cell förblir densamma skiljer sig transkriptomen mellan celler eftersom genuttryck inte är detsamma för alla celler eller vävnader. Endast väsentliga gener uttrycks i olika celler och vävnader. Genuttryck är en vävnads- eller celltypspecifik process. Det regleras av olika faktorer inklusive miljöfaktorer. Därför kan transkriptom variera med externa miljöförhållanden.
Transcriptome används som en föregångare för proteomikstudier. Alla proteiner härrör från mRNA-sekvenser. Translationsmodifieringar kan leda till förändringar i proteiner. Transkriptom ger dock viktig grundläggande information för proteomiska studier.
Figur 02: Transkriptom av embryonala stamceller
Vad är skillnaden mellan Exome och Transcriptome?
Skilja artikeln mitt före bordet
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome är samlingen av proteinkodande regionen av generna. | Transcriptome är samlingen av allt transkriberat RNA inklusive mRNA. |
| Prov | |
| Exome studeras med DNA-prov. | Transkriptom studeras med hjälp av ett RNA-prov. |
| Studiemetod | |
| Hel exomsekvensering är metoden för att studera exome. | RNA-sekvensering är metoden för att studera transkriptom. |
Sammanfattning - Exome vs Transcriptome
Exoner är de kodande sekvenserna för generna och bestämmer mRNA-sekvenserna för proteinerna. Samlingen av dessa kodande sekvenser (exoner) är känd som exome för en organism. Gener transkriberas till mRNA-molekyler innan de producerar proteiner. De totala mRNA-molekylerna i en cell eller en vävnad vid varje given tidpunkt är kända som transkriptom. Transkriptom representerar de gener som aktivt uttrycks i mRNA vid varje given tidpunkt. Transkriptom är cell- och vävnadsspecifikt och påverkar med miljöförhållandena. Detta är skillnaden mellan exome och transcriptome.
