Huvudskillnaden mellan maltos och isomaltos är att maltosen har två glukosenheter förenade med varandra via en alfa-1-4-bindning medan isomaltosen har två glukosenheter förenade med varandra via en alfa-1-6-bindning.
Maltos är en sackarid. Det betyder att den har två sockerenheter förenade med varandra. När det gäller maltos och isomaltos är sockerenheten en glukosmolekyl. Därför skiljer sig dessa två former av sackarider från varandra beroende på den kemiska bindningen mellan de två glukosenheterna. Båda dessa sockerformer minskar dock sockerarter.
