Huvudskillnaden mellan HPLC och GC är att HPLC använder en fast stationär fas och flytande mobil fas medan GC använder en flytande stationär fas och gasformig mobil fas.
HPLC och GC är båda metoderna för separation av föreningar från en blandning. Medan HPLC hänvisar till högtrycksvätskekromatografi är GC helt enkelt gaskromatografi. Således gäller HPLC för beståndsdelar som är vätskor, men GC är användbart när föreningarna är gasformiga eller de föreningar som genomgår förångning under separationsprocessen. Båda har dock samma underliggande princip att tunga molekyler flyter långsammare än lättare.
