Huvudskillnaden mellan fucoidan och fucoxanthin är att fucoidan är en fukosinnehållande sulfaterad polysackarid som finns i olika arter av brunalger och bruntång medan fucoxanthin är en xantofyll som finns som ett tillbehörspigment i kloroplasterna av brunalger och andra heterokonter.
Marina ekosystem utgörs av både flora och fauna. De har en stor mångfald av arter. Dessutom innehåller dessa arter olika föreningar som är fördelaktiga för människor. De biomolekyler som extraheras från dessa arter i marina ekosystem innehåller olika terapeutiska potentialer. Fucoidan och fucoxanthin är två sådana föreningar som finns i marina ekosystem, främst i bruna alger. Även om de skiljer sig kemiskt, används båda föreningarna för närvarande för olika forskningsändamål för att identifiera deras potential som terapi.