Nyckelskillnaden mellan 1D och 2D gelelektrofores är egenskaperna som används för separering av proteiner på gelelektrofores. 1D-gelelektrofores separerar bara proteiner baserat på molekylvikten medan 2D-gelelektrofores separerar proteiner baserat på dess isoelektriska punkt och molekylvikt.
Proteinseparation genom gelelektrofores är en viktig teknik för att karakterisera proteiner. Proteiner har olika egenskaper; därför är separationen mer komplex i jämförelse med DNA-separation med agarosgelelektrofores.
