Huvudskillnaden mellan differentiering och morfogenes är att differentiering beskriver hur celler blir specialiserade för att utföra unika funktioner, medan morfogenes beskriver utvecklingen av levande organismer.
Flercelliga organismer börjar sitt liv från en cell, antingen bildar en spore eller en zygot. Därför är celldifferentiering och morfogenes två olika och viktiga processer som inträffar under utvecklingen av en multicellular organism. Differentiering är processen att bilda olika specialiserade celltyper. Det leder till mognad av celler och vävnader som utför specifika funktioner för en organism. Å andra sidan är morfogenes processen att utveckla olika former av levande organismer. Det bestämmer formen på celler, vävnader, organ eller organismer.
