Huvudskillnaden mellan pyridin och pyrimidin är att pyridinstrukturen liknar strukturen av bensen med en metylgrupp ersatt av en kväveatom, medan pyrimidinstrukturen, även om den liknar strukturen av bensen, har två metylgrupper ersatta av kväveatomer.
Pyridin och pyrimidin är organiska föreningar. Dessa benämns heterocykliska organiska föreningar eftersom de är cykliska strukturer som har två olika typer av atomer som gör ringen. Dessa ringstrukturer innehåller kol- och kväveatomer.