Huvudskillnaden mellan makroskopisk och mikroskopisk är att termen makroskopisk avser ämnen som är synliga för blotta ögat medan termen mikroskopisk avser ämnen som är osynliga för blotta ögat.
Termerna makroskopisk och mikroskopisk hänvisar till två olika skalor som är användbara för att bestämma storleken på olika föreningar. Makroskopiska ämnen är tillräckligt stora för att ses med blotta ögat utan något förstoringsinstrument. Tvärtom är mikroskopiska ämnen väldigt små som inte är tillräckligt stora för att blotta ögat. Således behöver vi ett förstoringsinstrument som ett mikroskop för att undersöka dessa ämnen.