Huvudskillnaden mellan Agnathans och Gnathostomata är att Agnathans är organismer som inte har en käke medan Gnathostomata är organismer med käkar. Denna viktiga skillnad spelar en viktig roll i form av utfodring de genomgår.
Agnathans är käftfri fisk. Gnathostomata är fisk som har käkar. Både agnathans och Gnathostomata är mycket viktiga för att bestämma evolutionära relationer. De är ryggradsdjur och lever i vattenmiljöer. De visar olika mönster för sin överlevnad. Men de första organismerna i varje grupp är nu utrotade.