Huvudskillnaden mellan archenteron och blastocoel är att archenteron är den primära tarmen som bildas under gastrulering i den utvecklande zygoten, som senare utvecklas till matsmältningsröret, medan blastocoel är en inre vätskefylld eller äggula fylld hålighet i blastula som bildas under blastulering.
Befruktning är händelsen av sexuell reproduktion som bildar en diploid zygote. Zygoten förvandlas så småningom till ett embryo. Embryot genomgår mitotiska uppdelningar och cellulär differentiering, vilket gör ett flercelligt embryo. Morula är ett tidigt stadium av embryot, som innehåller 16 celler. Morula blir blastula vid den sjunde klyvningen. Blastula innehåller 128 celler. Det är en ihålig sfär av celler som omger ett inre vätskefylld hålrum. Och det här vätskefyllda hålrummet i blastula kallas blastocoel. Blastula viks inåt och förstoras för att göra gastrula, som är en flerskiktad struktur som innehåller primära bakterielager. Archenteron är den primära tarmen i gastrula. Archenteron utvecklas till matsmältningsröret senare.
