Huvudskillnaden mellan fagolysosom och fagosom är att fagolysosom är en cytoplasmisk kropp bildad genom fusion av en fagosom med en lysosom. Under tiden är fagosom en vesikel som bildas runt partiklarna som uppslukats av en fagocytisk cell under fagocytos.
Fagocytos är en försvarsmekanism som används i vissa celler eller organismer för att avlägsna främmande partiklar från kroppen. Fagocyter är cellerna som utför fagocytos. Fagocyter är typer av vita blodkroppar, särskilt neutrofiler, monocyter och makrofager som finns i blodet. Dessa celler skyddar kroppen genom att upptäcka främmande partiklar som bakterier, toxiner, döda och döende somatiska celler etc. Fagocyter sväljer sedan in dem och förstör dem. Fagocytos är en slags endocytos. Genom fagocytos internaliseras fasta partiklar i en struktur som kallas fagosom. När de väl är instängda i fagosomen smälter de samman med lysosomer och bildar fagolysosomer. Sedan använder man lysosomhydrolasenzymerna och partiklarna inuti fagosomen bryts ned och förstörs.
