Huvudskillnaden mellan Watson och Crick och Hoogsteen basparning är att Watson och Crick basparning är det vanliga sättet som beskriver bildandet av baspar mellan puriner och pyrimidiner. Under tiden är Hoogsteen basparning ett alternativt sätt att bilda baspar där purin tar en annan konformation med avseende på pyrimidin.
En nukleotid har tre komponenter: en kvävebas, ett pentossocker och en fosfatgrupp. Det finns fem olika kvävebaser och två pentossocker involverade i strukturen av DNA och RNA. När dessa nukleotider bildar en nukleotidsekvens bildar komplementära baser, antingen puriner eller pyrimidiner, vätebindningar mellan dem. Detta kallas basparning. Därför bildas ett baspar genom att förena två kvävebaser med vätebindningar. Watson och Cricks baspar är det klassiska eller vanliga tillvägagångssättet, medan Hoogsteen baspar är ett alternativt sätt att bilda baspar.
